San Juan de Plan conserva un gran patrimonio natural y ecológico, la ganadería extensiva y la forma de vida de sus habitantes ha modelado durante siglos este paisaje, en el que destacan las bordas y cabanas junto a prados de labranza y estivas.
En el término municipal de San Juan de Plan se encuentra el Parque Natural Posets-Maladeta, un colosal espacio protegido que desde esta parte de Sobrarbe se extiende hacia la Ribagorza. Es el mejor representante de los ecosistemas de alta montaña de la Península. Más del 70% de su superficie está por encima de los 1.800 metros.
Aquí podemos observar algunos de los glaciares pirenaicos, auténticos Monumentos Naturales, como el mítico glaciar del Aneto en el macizo de la Maladeta o el Lit de Lardana en el macizo de Posets.
Encontramos serbales, avellanos, hayas, pinos, abetos y otras especies. Entre esta vegetación se cobija una variada fauna. Las marmotas, los jabalíes, los sarrios y los ciervos son los grandes mamíferos, pero además perdices nivales, tritones pirenaicos, víboras, buitres leonados, quebrantahuesos y águilas reales resisten la crudeza de este espacio de alta montaña que cuenta con numerosas especies endémicas y en peligro de extinción.